В это же время Томпсон написал две повести («Принц Медуза» и «Ромовый дневник») и предложил издателям несколько рассказов. Ромовый Дневник был, в конце концов, опубликован в 1968, после чего Томпсон стал знаменитым. Позже Кеннеди отметил, что «они с Томпсоном были неудавшимися романистами, которые обратились к журналистике, чтобы заработать на жизнь».
В 1965 году редактор «The Nation» Кэрри МакВильямс предложила Томпсону написать несколько статей, основанных на его общении с байкерами из мотоклуба Hells Angels. Перед этим Томпсон провёл год, живя и катаясь вместе с «Ангелами Ада», но их отношения развалились, когда несколько незнакомых байкеров из Ангелов Ада без особой причины избили Томпсона до полусмерти. После того, как The Nation опубликовал статью (17 Мая, 1965), Томпсон получил несколько предложений на написание книги, и Random House выпустил в твёрдом переплете «Hells Angels: The Strange and Terrible Saga of the Outlaw Motorcycle Gangs» в 1966 (издано на русском языке под названием «Ангелы ада» в 2001 г.).
Большинство лучших работ Томпсона было опубликовано в журнале Роллинг Стоун, его первой статьёй, напечатанной в журнале, была «Власть фриков в горах». Статья описывала его попытку получить должность шерифа округа Питкин, Колорадо от партии «Власть фриков». Томпсон потерпел неудачу на выборах, запустив предвыборную кампанию, пропагандирующую декриминализацию наркотиков (но только для личного употребления, не для торговли, так как он не одобряет спекуляции), перекапывая улицы и превращая их в поросшие травой пешеходные аллеи, выступая против любого здания достаточно высокого, чтобы закрыть вид на горы, и переименовывая Аспен, штат Колорадо в «Город Жирдяев» - у действующего шерифа-республиканца, с кем он соперничал, была стрижка ежиком, побудившая Томпсона побриться налысо и обратиться к оппоненту со словами: «мой длинноволосый оппонент».
Опубликованная в 1971, «Страх и отвращение в Лас-Вегасе: Безумная поездка в сердце Американской Мечты» являлась своего рода отчетом от первого лица журналиста о поездке в Лас-Вегас с «300-фунтовым самоанским» адвокатом «Доктором Гонзо» (герой, придуманный другом Томпсона, американским мексиканцем (чикано) адвокатом Оскаром Зета Акоста), целью которой было освещение легендарной гонки на мотоциклах «Минт 400», а затем полицейской наркоконференции. «Багажник нашей машины напоминал передвижную полицейскую нарколабораторию. У нас в распоряжении оказалось две сумки травы, семьдесят пять шариков мескалина, пять промокашек лютой кислоты, солонка с дырочками, полная кокаина, и целый межгалактический парад планет всяких стимуляторов, транков, визгунов, хохотунов... а также кварта текилы, кварта рома, ящик Бадвайзера, пинта сырого эфира и две дюжины амила». (Хантер С. Томпсон, «Страх и отвращение в Лас-Вегасе: Безумная поездка в сердце Американской Мечты»).
На протяжении 1980-х и 1990-х, Томпсон продолжал изредка писать в «Роллинг стоун» и написал блестящий роман под названием «Проклятье Лоно» (в русском переводе - «Проклятие Гавайев») о нескольких безумных неделях, проведенных Томпсоном на Гавайях. Роман стал своеобразным продолжением «Страха и отвращения в Лас-Вегасе» и был издан с подробными иллюстрациями друга Томпсона, а заодно и прототипа одного из персонажей романа, Ральфа Стедмана.
Большая часть его произведений, выпущенных после 1980, опубликованы в 4-х томах под названием «The Gonzo Papers». Книга представляла собой большой сборник старых статей в «Роллинг стоун» и других малоизвестных работ Томпсона, написанных.
Одна из последних книг Томпсона, «Царство Страха», вышла в 2003 и содержала самый новый материал - злой комментарий к уходящему Американскому Веку. Томпсон также вёл спортивную интернет-колонку Hey, Rube, для ESPN «Page 2,», которая позже была собрана в книгу «Hey Rube : Blood Sport, the Bush Doctrine, and the Downward Spiral of Dumbness Modern History from the Sports Desk» (2005). Помимо этого Томпсон иногда ездил с лекциями, в том числе однажды с Джоном Белуши.
Томпсон увлекался огнестрельным оружием и был отчаянным энтузиастом с большой коллекцией ручного оружия, винтовок, дробовиков, газового оружия, автоматического и полуавтоматическим оружия и практически всех видов взрывчатки, произведённой в промышленных или домашних условиях, известных человеку.
Томпсон умер в своём доме в Вуди Крик, Колорадо, 20 февраля 2005, в 17:42 от огнестрельного ранения в голову. Ему было 67 лет.
Впервые термин гонзо был использован редактором Boston Globe, Биллом Кардозо после того, как он прочитал статью «Дерби в Кентукки упадочно и порочно», написанную в 1970 г. Хантером Томпсоном, позже популяризовавшим стиль гонзо, и проиллюстрированную английским художником Ральфом Стедманом. Когда срок сдачи статьи подошел к концу, а она ещё не была готова, Томпсон решил отправить редактору страницы, вырванные из своей записной книжки, наброски в которых имели глубоко субъективную окраску.
Кардозо утверждал, что этим словом в ирландских кругах Южного Бостона называют человека, который последним из всей компании сможет стоять на ногах после ночного алкогольного марафона. Согласно другой версии, термин «гонзо» может происходить от испанского gonzagas, что означает «я тебя одурачил», «нелепости».